
澄川にある天医堂の後継者、神谷一馬は、三年間店を守りながら、近所の煞気を払ってかろうじて生計を立てていた。ある日、結城家の執事である結城福造から大金で、邪術によって昏睡状態に陥った結城家の令嬢、結城葵の治療を依頼される。一馬は七殺鎖魂の陣を見破り、三針九転の回陽術で葵を蘇生させる。ベッドの下に隠された鎖魂杭を発見し、内部に裏切り者がいることを突き止め、一千五百万の診療費を手に入れた。この一件が、暗門の核心人物である柴田成の恨みを買い、送り込まれた狙撃手による暗殺は失敗に終わる。成の弟子である柴田泰は、紅衣の女怨霊を育てて無実の女性を手にかけ、奇妙な溺死事件を引き起こす。捜査一課のチーム長である冴島青葉は、この事件の捜査中に一馬を訪ねる。一馬は彼女が煞気に侵されていることを見抜き、捜査協力を約束する。二人は手がかりを追って廃ビルにたどり着き、そこで一馬は紅衣の女怨霊と柴田泰を斬り捨てる。邪術の反動を受けた成は激怒し、暗門の駒を総動員して天医堂を包囲するよう命じる。こうして一馬は、暗門との正面対決に巻き込まれていくのであった。
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