涼宮清音は『疫病神』の宿命を背負い、幼い頃から凌雲神社で修行をしていた。しかしある時、怪我を負い『霊珠』による治療が必要となるが、その霊珠を後藤秀明が誤って飲み込んでしまう。霊珠を取り戻すため、清音は山を下りて秀明を探すことを余儀なくされる。こうして二人の解けない縁が始まり、数々の危機を乗り越えた末、ついに結ばれるのであった。
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