
2045年、超大規模なポールシフトが地球規模の災害を引き起こし、電子機器は麻痺、宇宙線が猛威を振るい、人類文明は崩壊の危機に瀕した。元国家深地研究所のエンジニアである岩田健は、家族が換気口で惨死した絶望の記憶を抱えたまま、災害発生の30日前に転生する。彼は一刻を争い、頑固な地質学者である祖父の須藤啓介を説得し、祖父が私的に建設した地下観測所を「地底の方舟」――放射線防護、生態循環、エネルギー自給を一体化した終末の避難所――に改造しなければならない。 準備の過程で、彼は観測所を狙う偽善的な元助手、鈴木茂に対処し、強欲な闇商人の「クロ」と渡り合い、さらには人道的な選択の中で隣人の孤児ナナを受け入れなければならない。転生前の記憶と工学の知識を頼りに、岩田健は退役工兵の渡辺剛と協力して改造を完成させ、オーロラが空を覆う終末の瞬間に方舟のゲートを閉じる。閉鎖された空間で、彼は生存者たちをまとめ、旧敵の反撃を防ぎ、生存者同盟を築き上げる。そしてついに、放射線が薄れ始めた春の日、皆を率いてドームから歩み出し、文明の活気を取り戻すのであった。
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