
結城陸は復讐を果たすためタイムリープしたが、その記憶はすべてガイアシステムによって植え付けられた偽情報だと知る。彼は「仇敵」である須藤晴香と共に真相を解き明かし、システムが「歴史的罪人」を排除するための駒として使われることを余儀なくされる。抵抗する中で、結城はシステムのバグとなり、二人は積極的に危険なテクノロジーを生み出し、ガイアにその存在を認めさせようとする。最終的に結城の意識はデータの海に入り、ガイアのコアに「可能性」を植え付け、自らの消滅と引き換えに人類滅亡の宿命を書き換え、世界を見守る無形の存在となる。一方、須藤晴香はその志を継ぎ、文明を新生へと導く。
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