
ゾンビによる世界の終末が始まったその日、大学生の理崎湊は、二年間片思いしてきた栞先輩を命がけで救い出す。しかし、彼女がすでにゾンビに噛まれていたことを知り、絶望する。ゾンビ化した栞は鉄の鎖で地下駐車場の耐力柱に繋がれ、湊は一人で牢を築き、狩りをして餌を与え、防御工事を改造し、地下農園を建設するなど、完全な生存システムを構築していく。栞のゾンビ化は不完全で、彼女の中には人間の心が断片的に残っており、湊の声や特定の音楽によって落ち着かせることができた。湊は偶然にも自分がゾンビウイルスに対する天然の抗体を持っていることを発見し、独学で血清の研究を始める。彼は、栞を犠牲にすることを条件とした安全地帯「希望の砦」からの勧誘を拒否し、一人で立ち去る。その後、安全地帯から送られてきた追手の部隊を撃退し、放浪者たちをまとめて防衛同盟を結成する。最終的に、彼は自身の抗体から精製した血清を栞に注射する。生死をかけた闘いの後、栞は人間の意識を取り戻した。
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