終末の世界で、林 凛は親友の神崎 玲奈と共にホープ基地に足を踏み入れるが、そこが優生選別によって女性をモノ扱いする場所だと知る。S+ランクの遺伝子を持つ林 凛は、リーダーの藤堂 司に目をつけられる。彼女は医学知識を巧みに利用して抵抗を試みるも、焼却センターに左遷され、そこで盟友と出会い、藤堂 司の遺伝的欠陥の秘密を発見する。彼女は虐げられた者たちと結託し、毒素で基地の武装を無力化させ、神崎 玲奈を寝返らせて情報を入手し、ついに蜂起して暴政を覆す。藤堂 司が再起を図ると、林 凛は周辺の野営地と同盟を結び、奇襲をかけて仇敵を討ち取り、最終的に新秩序を確立。人々を率いて文明の火種を守り、終末の新時代を切り開く。
