須藤澄は同僚と共に「霧隠サナトリウム」に閉じ込められ、七日間のループに陥る。毎日、奇妙な指令を達成しなければ生き残れず、失敗者は不可解に姿を消す。彼女の腕にはループと共に成長する銀の刻印が現れ、29回のループを経て、謎の男、灰谷焔と出会う。二人は協力して旧礼拝堂を探索し、ループがフラグメントのルールの不具合であり、銀の刻印が共鳴の烙印であることを突き止める。彼らは地下室に乗り込みコアを捧げてループを打ち砕くが、他のフラグメントへと放り込まれてしまう。こうして、いくつもの不気味な領域を渡り、帰還の道を探す逃亡と探索の旅が始まる。
