「鬼刃の神医」華岡仲景は、国家元首を治療する極秘任務を受け、皇国の安寧を守るためにやむなく妻子を捨て、身分を隠した。25年後、国家元首が回復すると、華岡仲景は国家特別医師として医学界全体から崇められる存在となった。しかしその時、妻は華岡仲景が去ったことで亡くなっており、娘の華岡遥は父を長年恨み、伝説の「鬼刃の神医」だけを崇拝していた。父娘関係を修復するため、華岡仲景は自分が「鬼刃の神医」だと正体を明かすが、華岡遥は信じない。仁愛病院の院長である呉井勝は、長年華岡遥の華済病院を狙っており、大富豪を巻き込んで頭部移植手術の賭けを仕掛ける。頭部移植手術は皇国で「鬼刃の神医」にしかできない手術であり、華岡仲景は娘への罪滅ぼしのために自ら手術を申し出る。しかし、華岡遥は父の医術を信じず、さらに呉井勝の妨害により患者は命の危機に瀕し、華岡遥は名誉を失い、苦心して経営してきた病院を失う寸前に追い込まれる。その時、華岡仲景が窮地を救い、頭部移植手術を成功させ、父娘の確執を解消する。その後、華岡仲景は恩師の町の診療所を手伝い、新型ウイルスに感染した数多くの患者を救う。
