突如として豪雨による終末が訪れ、高さ30メートルの津波が世界を襲い、陸地の90%が水没した。前世で実の弟に救命ボートから突き落とされた恨みを抱えて転生した結城瑠璃は、偶然にも『終末サバイバルシステム』と結びつき、百倍のキャッシュバック、無限の収納スペース、そしてブラックテクノロジーによる創造という三つの神業を手に入れる。同じく転生した両親と共に、恩知らずな弟との関係をきっぱりと断ち切る。そしてキャッシュバックで得た巨額の資金で廃船となった貨物船を買い取り、核融合駆動とエネルギーシールドを備えた海上の移動要塞へと改造し、大量の物資を溜め込んでいく。終末が訪れた後、一家三人はハヤテ号に乗り、異常気象や変異生物、そして人間の邪悪さが渦巻く中で生き残りをかけ、ついに新大陸を発見。自分たちだけの終末の故郷を再建する。
