始皇帝の魂が、煤山で自害した崇禎帝に憑依転生した。「悪名を万世に残すシステム」と結びつき、民の怨嗟を溜めきってこそ、大秦に戻り不老長寿を得られるという。しかし彼はシステムの制御を受け付けず、明で綱紀を粛正し、忠臣と奸臣を見極め、インフラ整備と軍事力強化で国を固める。そして、思いがけずシステムの隠しメインストーリー――八カ国制覇――を始動させてしまう。始皇帝は明の火器と『永楽大典』の科学技術を駆使し、蒸気機関、汽車、軍艦を開発。全世界で書同文、車同軌、度量衡と通貨の統一を推し進め、千古一帝の伝説を成し遂げる。