ベータのふりをしているオメガの橘明は、学籍を維持するため、必死にその特殊な身分を隠していた。クラスメイトの清水修一の体に突然異変が起こり、橘明が誤って薬を使ったことで、かえって彼をS級アルファへと完全に覚醒させてしまう。さらに、思いがけず橘明を仮マーキングしてしまい、二人の身分は共にバレる危機に陥る。
清水修一は真相を隠すためにわざとオメガのふりをし、陰ながら橘明を守る。言い寄る者の挑発や、フェロモン検査の新ルールなどが次々と襲いかかり、身分バレの危機が刻一刻と迫る。推薦試験の最中に清水修一が暴走し、橘明は皆の前でオメガの身分を明かして彼をなだめる。最終的に二人は気持ちを打ち明けて恋人となり、同時に校則の改革を推し進め、身分による束縛を完全に打ち破った。
