遺物修復師のルーシャは、遺体安置所で記憶剥奪事件のオルゴールを修復中、遺体の残した「私の死後、月を消して」という言葉がきっかけで、霧の都に記憶汚染を引き起こしてしまう。時計塔の審問官ヴィンセントは彼女を汚染源とみなし捕らえようとするが、闇市の記憶の売人セイヤが彼女を連れ去り、彼女がルナ・アーカイブの07号サンプルであり、汚染を鎮める力を持つ記憶のアンカーであることを明かす。三人はやむなく同盟を結び事件を調査するが、記憶チップを読み取ったルーシャは、ヴィンセントとセイヤがかつて自分を裏切ったことを知る。黒幕であるマダム・ビアンカが現れ、ルーシャを記憶のマザーマシンに捧げようと画策する。ヴィンセントとセイヤは自らを犠牲にする形で罪を償い、ルーシャは街全体の真実の記憶を呼び覚ます。そして、秘密を背負った二人の男が、再び静かに姿を現すのであった。
