マナの覚醒が起きた高位武術が支配する終末世界。大学受験に失敗した須藤ジンは、学園の華である鹿島雪乃に生命の源を奪われ、婚約も破棄される。絶望の淵で「剣神システム」を起動させ、「無上の剣体」に覚醒した。彼はトップクラスの高位武術学院からの誘いを断り、洛山高専を選択。神器や秘境を解放し、レベルアップを重ねて魔獣を斬り、数多の強者を圧倒していく。人皇の伝承を受け継いだ後、彼は神州連合軍を結成して海外へ出征し、魔獣と結託する海外勢力と対抗する。最終的に魔獣界へのゲートを閉じるために自らを犠牲にするが、奇妙な空間で予期せず目を覚ます。
