ゾンビによる終末世界が訪れて10年。荒廃した大地で、人類は覚醒者の力を頼りに城塞都市へ身を寄せ、生き延びていた。貧しい出身ながら最強システムを覚醒した主人公は、10年間すべてを捧げて日城を守り抜き、幾度となく襲い来るゾンビの大群を退け、人々に平穏な暮らしをもたらしてきた。しかし、新たな城主の就任を機に、功績を妬む貴族たちの陰謀によって、主人公は裏切り者として追放されてしまう。失望した彼は日城を去り、玉城をはじめとする各地の生存都市を守ることを決意。彼が訪れた街は次々と危機を乗り越え、人類の希望を取り戻していく。一方、主人公を失った日城は防衛が崩れ、滅亡の危機へと追い込まれていく。やがて主人公は仲間たちと力を合わせ、ゾンビウイルスが謎の組織によって人為的に拡散された真実を突き止める。最強システムを武器に変異ゾンビや黒幕との壮絶な戦いへ挑み、世界を救うための最後の決戦が幕を開ける。
