2035年、Xウイルスが蔓延し、動物の変異が世界の終わりを引き起こした。動物学の大学院生である神谷炎は、終末の3日前に転生し、瀕死の柴犬の雑種ダイキチを救い、【捕食進化システム】に目覚める。彼は変異獣のコアを捕食して天賦を奪い、それをダイキチに与えて進化させることができる。
神谷炎は獣狩り部隊を結成し、医療担当の須藤さゆり、戦闘担当の大城鉄平、そして謎のハカセを仲間に加える。彼らは次々とブラッドウルフ団の略奪者と対決し、禁区の奥深くで変異の源の真相を探る。ダイキチは九度の進化を経て、疾風犬から徐々に変貌を遂げ、最終的に滅世の魔竜となる。
最終的に、神谷炎は究極形態に進化したダイキチと協力し、全世界の変異生物を支配する変異マザーを捕食し、Xウイルスを浄化する。そして地球の獣皇となり、人類と変異生物と共に新時代を築き上げる。
