西暦2500年、水没した未来。地球は荒廃した海洋と天空都市の間で生き延びていたが、巨大なブラックホールが空を裂き、ヴォイド・クランを解き放つ。敵のエネルギーによって変異した元特殊部隊員のケイルは、他の5人の強化兵士と共に第749局にスカウトされる。東京からロンドン、パリ、そして万里の長城に至るまで、チームは絶望的な侵略、生ける戦艦、そして恐るべき将軍レイスとオブリビオンと戦う。ケイルとライラが任務を通じて親密になるにつれ、人類は戦争に勝つためには誰も生き残れないほどの犠牲が必要かもしれないと知る。第749局はマザーハイヴを破壊することができるが、最後の闇の神が地球に降臨したとき、ケイルは愛する女性と地球の未来との間で選択を迫られる。そして、たとえオブリビオンが倒されても、虚空の奥深くでは、さらに深遠な何かがすでに目覚め始めているのかもしれない…
