5歳の世捨て人の小さな魔女リリーは、3万ポイントもの最高級の魔力を持っているが、学園長に騙されて初級の見習いだと信じ込まされている。宗派の食料を食べ尽くしたため、山を下りてシリコンバレーのテクノロジー界の大物である従兄のノアを頼ることに。彼女は見た目が可愛らしく食いしん坊だが、たやすく傭兵や超能力者のチャンピオンを圧倒し、会社のみんなから可愛がられている。邪悪な財団が闇の魔術師と結託してリリーを誘拐し、それによって彼女の出生の秘密が明らかになる。リリーは両親が裁定機関によって深淵に投獄されていることを知り、従兄や魔法学院の仲間たちと共に危険な場所へと乗り込んでいく。道中、裁定者たちと戦い、強敵を打ち破るが、すべてが解決したかと思われたその時、深淵の裂け目が各地に現れ、新たな危機が世界を襲う。