借金を抱えた青年、林健太は、一家が遺した廃れた動物園を引き継ぎ、日給1万円の獣医として就職する。しかし、園内の動物がすべてS級凶獣であるとは知らなかった。彼は犬や猿を訓練する原始的な方法で、偶然にも古代の契約を発動させ、天狗、朱厭、燭九陰などの神獣を次々と手懐けていく。自分が都市伝説となっていることにも気づかずに。やがて獣の群れが押し寄せた時、林健太は神獣の主として覚醒し、神獣たちを率いて一般人と共に戦う。最終的に、誠実さと平等な契約によって、人と獣の千年にわたる怨恨を解き、人類の故郷を守り抜く。
