橘晴香は前世で、病院でのゾンビ災害で親友の悲惨な死を目の当たりにし、自らも「プロトタイプ・ゼロ」に殺されたが、意外にも災害発生の初期に再生する。彼女は田中浩二、柴田健などの生存者も一緒に再生したことに気づき、皆は前世の記憶を頼りに運命を変えることを決意する。橘晴香は前世の手がかりを元に、「ウロボロス計画」の陰謀と災害の真相を暴き、皆を率いてサバイバルチームを結成する。道中、変異ゾンビや田中桜の出産などの危機に遭遇するが、皆で協力して立ち向かう。さらに、「プロトタイプ・ゼロ」が実は実験で改造された科学者、結城博文であり、彼が娘「結月」への執着から新生児を守っていることを発見する。最終的に、結城博文の助けを借りて、皆は廃棄された防空壕トンネルの出口を見つけ、無事に脱出する。半年後、生存者たちは新しい生活を始め、結城博文も軍の助けで人間の姿を取り戻し、離れ離れになっていた娘と再会する。
