プロポーズの現場で恋人の本田健と親友の白鳥蓮に裏切られた星野好は、豪雨による終末世界が訪れる3日前に思いがけず転生し、「終末箱舟システム」と結びつく。全財産をはたいて西城埠頭のボロ漁船を買い取った彼女は、一刻を争って物資を溜め込み、漁船に隠されたエコスペースとハイテク技術を起動させる。前世の恩人である琴音、そして技術の達人である叔母さんと生存チームを結成し、3人は箱舟の強力な性能と息の合った連携で、何度も危機を乗り越えていく。止むことのない豪雨の中、彼女たちはこの「偽装されたボロ船」を操り、装備をアップグレードし、生存空間を広げながら、危険に満ちた海で希望を探し求め、終末世界での生存伝説を紡いでいく。
