エナジータイドが勃発し、紫色のシャドウフォグが地表を飲み込み、人類文明は壊滅した。若き建築エンジニアのミズキは、モスクワのブルーストーン駅の地下深くで偶然「文明の火種コア」を起動させ、インフラ施設を操る超常能力を手に入れる。彼女はゼロから廃駅を修復し、シャドウビーストを倒し、ならず者を追い払い、レッドライン公社の勢力を編入し、荒廃したブルーストーン駅を地下のミニ帝国「ホープ駅」へと作り上げた。その過程で、彼女はバイオテクノロジーの巨大企業トップであるサワダによって実験体に改造された特殊部隊員リクを救い、二人は生死を共にする中で深い絆を築いていく。サワダは「ジェネシス・マシン」を利用して全人類を犠牲に神になろうと企み、ミズキの失踪した母親を人質に取る。ミズキは軍を率いてD3ハブ駅へ遠征し、サワダと死闘を繰り広げる。最終的に、彼女は自らの肉体を犠牲にコアと融合し、地球規模の浄化陣を発動してシャドウフォグを払拭するが、リクの決死の救助により再び肉体を取り戻す。シャドウフォグが消え去り、太陽が再び現れ、生存者たちは地下鉄から出て、廃墟の上に文明再建の新時代を切り開く。
