十年前、異星種族サイクロプス星人が侵略し、原初の光が現れて彼らを菱形キューブに封印した。その本源は消散する前に、力を8歳の少年、大河に託した。十年間、大河は落ちこぼれの生徒を装いながら、裏ではシャイニングナイトとして風都市を守り続けてきた。幼馴染の白石芽衣や、ツンデレ天才の神崎梓といった仲間たちが、常に彼のそばにいた。適格者テストの後、一同は騎士本部に入り、大河は旧知の大騎士長、神谷雫と再会する。そして次第に、工藤司令と王権機関の黒衣の男の陰謀に気づいていく。工藤天馬はキューブの力を狙い、各地で騎士の光の力を抽出し、異獣を放って混乱を引き起こし、同僚さえも犠牲にした。大河の正体は度重なる危機の中で何度も暴かれそうになり、結城遥や神谷雫などが、彼こそが原初の光であると次々と気づいていく。最終的に、工藤は封印を解くためにサイクロプス星人を解放し、世界中に異獣が溢れかえる。大河は仲間たちや戦獣のハチと協力して強敵に立ち向かい、すべての人々が結集した光の力によって勝利を収める。三年後、平和が戻った世界に新たな異獣が現れると、少年は再び立ち上がり、光は永遠に消えないことを証明する。
