現代の女性法医学者である葉山彩は、公務中に殉職し、古代の貧しい孤児にタイムスリップしてしまう。ちょうどその時、森田家の古い屋敷で「幽霊殺人」という奇怪な事件が発生。彼女はプロの検死知識を駆使し、犯人が幽霊のふりをして人を騙す手口をすぐに見破る。奉行所の警部、夏目蒼は、彼女が亡くなった検死官の娘であることに偶然気づき、「父の借金は子が返すものだ」と五十両の借用書を盾に、彼女を借金返済のため非正規の検死官として無理やりそばに置くことにする。こうして二人はコンビを組み、いがみ合い、足を引っ張り合う関係から、生死を共にする間柄へと発展していく。索状痕による犯人特定、釣り糸を使った仕掛け、心理プロファイリング、身代わり符など、葉山彩は現代の法医学を駆使して古代の難事件を次々と解決していく。しかし、その過程で意図せず三十七年前の宮廷未解決事件と楚山家の皆殺しという過去の恨みが絡む事件に巻き込まれ、自らの正体と宿命をめぐる謎の渦中へと足を踏み入れていくのだった。
