青雲宗のトップ修士である神崎陸は、母の言いつけで天海大学に入学する。入学後、彼は裕福な学生からの意地悪を冷静に対処し、軍事訓練では超人的な体力を見せつけ、さらには霊気を使って豪雨の危機を乗り越え、医学部の涼宮結衣に注目される。彼は手軽に古来の丹薬で同級生を治療し、その薬草を用いた調整法は伝統的な漢方の精妙さを証明し、商人から丹薬の処方を求める声が上がる。地元の散修である財前尊は、誤った情報に導かれ、密かに生命力を吸い取る邪悪な陣法を敷き、先天氷霊根を持ち医学に精通する涼宮結衣を狙う。神崎陸は三つの通霊玉の欠片をすべて見つけ出し、地下に潜む修行の危険を突き止め、化神期の修為に覚醒する。そして、氷系の霊力に目覚めた涼宮結衣と協力して街全体の危機を解決し、長年の封印の危険を取り除く。こうして二つの世界の仙門への道が開かれ、二人は仙山での修行に向かおうとするが、母親から高度数学の試験を催促する電話を受け、キャンパスに戻ることを余儀なくされる。修行を続けながら大学の学業をこなし、街を守り、古来の知恵を継承していくのだった。
