在全球海源求生的末日大航海时代，奥林匹斯众神将世界变成残酷的海洋生存游戏。底层水手里奥因拒绝向战神阿瑞斯上供而遭受诅咒，无法拾取任何物资，更遭到前女友埃琳娜与海盗德里克的羞辱与抛弃，唯一的淡水也被打碎，陷入必死绝境。然而危机关头，他意外唤醒被宙斯与众神暗算、封印于深渊的海神波塞冬，获得暗金三叉戟与一艘深海亡灵战舰，开启弑神之路。 里奥通过不断猎杀海兽、摧毁海盗船队献祭船灵，将战舰从破旧帆船逐步升级为无坚不摧的海上堡垒。他先是以塞拉为诱饵吸引海盗，用三叉戟召唤水流长矛击溃黑鲨海盗团；随后在神罚之潮中越阶斩杀变异巨齿鲨，获得海妖骨刺装甲；又在暗礁区以神雷风暴覆灭疯狗马多克斯的六艘重型火炮舰队，使战舰终极进化为长达两百米的合金骨质巨无霸。 航行途中，里奥抵达亚特兰蒂斯安全区，识破总督维克托利用远古克拉肯设局的阴谋，以主炮反杀克拉肯与维克托，夺得《失落神殿海图》。途中他救下雅典娜的试炼者塔莉娅，得知众神瓜分海神权柄、波塞冬被背叛封印的真相。在塔莉娅的阵法指引下，两人驾驶无畏舰穿过死亡暗流，抵达海底失落神殿，击溃阿瑞斯的神力分身，夺回波塞冬的权柄碎片，使战舰迎来终极进化。 为完全恢复大洋法则，里奥踏上拔除宙斯布下三根定海神钉的征途。首战沸腾海域，他以骨雕副炮轰碎太阳堡垒，斩杀熔岩巨蟹，融合地心之火拔除第一根神钉，解救被奴役的海族；次战极寒海域，以火系阵列融化冰墙，击杀冰霜骨龙，击退冥王哈迪斯的灵魂使徒，拔除第二根神钉；终战无尽深渊，面对宙斯唤醒的无限复活亡灵舰队，里奥以血为媒施展绝对零度冰封深渊，切断敌军魔力阵法，直面宙斯的雷霆神影。经过惨烈对轰，他突刺至神钉顶端引爆阵眼，粉碎宙斯神影。 最后一根定海神钉炸裂，宙斯的绝望领域彻底崩溃。三叉戟吸纳深海本源自动蜕壳，里奥融合海神之力，双眼化为纯蓝，小臂浮现三叉戟纹路，气场充满恐怖神威。大洋上的神罚天灾平息，海面重归宁静。然而对神明的复仇才刚开始，里奥转动白骨舵轮，驾驶战舰迎着阳光扬帆，向奥林匹斯神山进发。
