結城瑞樹は死に戻り、最初の核爆発による死傷者を防ぐことに成功するが、300人を死なせたとして濡れ衣を着せられる。彼は新海翔、里見霞、そして娘の結城ももに共謀され陥れられ、皆から非難され、両親も巻き込まれてしまう。しかし、結城瑞樹は計略に乗じたふりをし、注目が最高潮に達した時、須藤美咲に生存していた作業員を連れてこさせ、新海翔の陰謀を暴く。その後、新海翔と里見霞は警察に連行され取り調べを受ける。結城瑞樹は核爆弾設計のブレークスルーによりアカデミー会員の称号を授与されるが、再び新海翔たちの新たな陰謀や、悪徳資本家である財前洋介の野心に直面する。結城瑞樹は巧みな策略を巡らせ、特殊警察と協力し、新海翔、里見霞、財前洋介らを一網打尽にする。
