大胆な救出劇の後、記憶喪失の配達員イーサン・カーターは、休眠状態の緊急ネットワークによって、失われた『ゼロ管理者』として認識される。7年前に起きた悲惨なブルーベイの災害で彼に濡れ衣を着せた企業から突然追われる身となったイーサンは、エミリー・スー医師と元同僚のダニエルと協力し、消された記憶を取り戻して真実を暴こうとする。しかし、真実が明らかになるたびに、プロジェクト・ゼロのより深い層―バックアップ管理者、遺伝子操作されたクローン、そして人類から自由を奪うことで完成を目指す進化するシステム―が目覚める。街と愛する人々を救うため、イーサンは絶対的な権力を取り戻すか、自らを特別な存在たらしめる権威を破壊するかの選択を迫られる。
